Základnou vlastnosťou imunitného systému je jeho schopnosť rozlíšiť vlastné molekuly buniek, tkanív a orgánov (self) od nevlastných (non-self), vlastné tolerovať a cudzie likvidovať. V niektorých prípadoch však dôjde k poruche tolerancie a imunitný systém začne reagovať proti vlastným molekulám, bunkám, orgánom či tkanivám a to v takom rozsahu a intenzite, že vzniká choroba. Autoimunitné choroby postihujú 5 až 7 % populácie, často sú to chronické stavy a patria k hlavným medicínskym problémom dnešných industrializovaných spoločností; keď zoberieme autoimunitné choroby ako jednu kompaktnú skupinu, čo do morbidity a mortality zaberajú tretiu priečku, hneď za srdcovo-cievnymi chorobami a malignitami. Viac ako 80 rôznych autoimunitných chorôb, ktoré dnes poznáme, rozdeľujeme na orgánovo-špecifické a orgánovo-nešpecifické. Orgánovo-špecifické choroby (v súčasnosti k najviac skúmaným patrí sclerosis multiplex, diabetes mellitus závislý od inzulínu, a autoimunitné tyreoiditídy) sa vyznačujú tým, že imunitná odpoveď je namierená proti antigénu, ktorý je špecifický len pre daný orgán; pri orgánovo-nešpecifických chorobách (v súčasnosti k najviac skúmaným patrí SLE a reumatoidná artritída) má antigén širokú distribúciu, a preto sú postihnuté viaceré orgány či tkanivá.